Auflaufform mit etwas Butter ausfetten, Tomaten, Champignons, Karotte, Staudensellerie, Zwiebel und Knoblauch in kleine Würfel schneiden.
In einer großen Pfanne Tomaten, Champignons, Karotte, Staudensellerie in 1 EL Öl für ca. 10 min andünsten bis das Gemüse weich ist. In einer zweiten kleinen Pfanne parallel das Hackfleisch in 1 EL Öl für ca. 10 min scharf anbraten, dann mit der Milch ablöschen.
Tomatenmark, Zwiebel, Knoblauch zum restlichen Gemüse in die erste Pfanne geben und nun ebenfalls das Hackfleisch einrühren. Jetzt das Mehl darüber streuen und einrühren. Zuletzt die Sahne, Gewürze und Kräuter hinzugeben und alles 3 Min. bei niedriger Temperatur köcheln lassen.
Backofen auf 200 Grad Ober-/Unterhitze vorheizen. Gnocchi nach Packungsanweisung zubereiten, abtropfen und in die vorbereitete Auflaufform geben. Nun die Soße darübergießen, den geriebenen Käse sowie den zerrupften Mozzarella darüber streuen und für ca. 30 Min backen, bis die Käseschicht eine schöne, goldbraune Farbe annimmt.